El 01 Agosto de 1,961 la Escuela de Comandos inicia sus labores de instrucción dictando el Primer Curso Regular de Comandos teniendo como primeros instructores, a los Oficiales graduados de RANGER’S.
En 1,966 la Escuela de Comandos del Ejército pasó a formar parte del destacamento de Fuerzas Especiales, contribuyendo igualmente a la formación de la joven Infantería de Marina é Ingeniería Anfibia. Desde entonces hasta la fecha la Escuela de Comandos conduce ininterrumpidamente: El Curso Regular de Comandos, Cursos Especiales de Combate para los Cadetes de la EMCH y el Curso de Monitores Comandos para el personal de Tropa, quienes se desempeñarán como auxiliares en la instrucción especializada.
En el año 1,970, la Escuela pasa a formar parte de la División Aerotransportada de reciente creación, empleando dentro de las Unidades que la constituyeron un buen número de Oficiales Comandos por su característica de ser altamente móvil y de empleo en Operaciones rápidas.
En 1,973 se inicio el intercambio de la instrucción de Comandos con los hermanos países Latinoamericanos de BRASIL, COLOMBIA Y ARGENTINA, así como Oficiales Comandos de nuestra Escuela viajaron en misión de estudios a FRANCIA Y ESPAÑA.
En 1983 el comando del Ejército dispuso que la ECE, incluyera en sus CRC a personal de la FAP y MG, los mismos que integrarían sus unidades especiales y sus escuelas de formación de combatientes especiales.
A partir de marzo de 1993 el Comando de Ejército restituyó el uso de la boina negra, en todas las unidades y dependencias del Ejército, como parte del uniforme de trabajo de los Comandos, por ser distintivo tradicional que personificaba a la fuerza élite de la institución paradigma del soldado peruano y en reconocimiento de su abnegada labor en la GNC.
En 1995 en el mes de enero, la patria estuvo obligada a librar conflicto en la frontera Norte, cuando tropas ecuatorianas invadieron nuestro territorio y lanzaron un artero y sorpresivo ataque contra efectivos peruanos, en la zona del Alto Cenepa, con la intención de apoderarse de territorio que por la historia, por la razón y la justicia, nos pertenece. Nuevamente los Comandos, preparados para la lucha en terreno montañoso y selvático, acudieron con sus unidades especiales, arrojando al invasor, en jornadas históricas, durante 31 días, haciéndose merecedores del galardón "Gigantes del Cenepa".
Este año se incremento el Programa de Instrucción del Curso Regular de Comandos con las asignaturas de Maestro de Salto y Caída Libre.
En 1997, el 22 de Abril, Oficiales, Técnicos y Sub oficiales instructores ECE y ademas Comandos de diferentes partes del Perú participaron eficientemente en la operación de rescate de rehenes "Chavín de Huantar", contribuyendo a la victoria por la vida y la paz. Desde la toma de la residencia del embajador del Japón, fueron 125 días de entrenamiento, de larga espera, hasta el 22 de abril de 1997, día de la brillante ejecución, dando su cuota de sacrificio con sus vidas, los Comandos Valer Sandoval Juan y Jiménez Chávez Raúl.
El 01 de Marzo de 1998, la ECE pasó a ser orgánica de la 1ra DIV FFEE ahora 1ra Brig FFEE situada en las Palmas.
El año 1999 La Escuela de Comandos continúa su avance, en cuanto a infraestructura con la construcción de la TORRE MULTIPROPOSITO, para el entrenamiento de alta y baja montaña, descenso de helicóptero y todas las técnicas del RAPELL. la construcción de la piscina ha servido para la fase básica anfibia y nadador de combate.
El año 2003 el XLII Curso Regular de Comandos, es designado por el Comando del Ejercito para que participe en operaciones contra terroristas en la región del rio Ene, para combatir a elementos terroristas que habían incursionado en el campamento de Techin – Ayacucho, realizando misiones reales en la región de Satipo – Pichanaki, este año se da un gran impulso a la revisión y elaboración de doctrina de Comandos.
El año 2004 la duración del Curso Regular de Comandos, se incrementa a nueve meses impartiéndose después de varios años las asignaturas de maestro de salto y caída libre.
Este año por primera vez en la historia del Ejercito, el Comandante General del Ejercito es un Oficial Comando; el General de Ejercito José Antonio Graham Ayllon, quien tiene el honor de condecorar a la Bandera de Guerra de la Escuela de Comandos, en la ceremonia de clausura del XLIII CRC, por las operaciones del Alto Cenepa, donde la ECE participo con patrullas orgánicas, junto con el Batallón de Comandos No 19, en diversas operaciones, que dieron como resultado la expulsión del enemigo del suelo patrio.
Este año se otorga la Divisa y el Cintillo “ESCUELA DE COMANDOS DEL EJERCITO DEL PERU”, en reconocimiento e incentivo a los Oficiales Superiores, Oficiales Subalternos, Técnicos y Sub Oficiales, que cumplen la honrosa misión de especializar a los Oficiales, Técnicos y Sub Oficiales de las FFAA en la especialidad de Comandos y en Operaciones de GC y GNC.
Desde su creación, por uso y costumbre y bajo diferentes comandos, una sentencia
"Sólo para hombres decididos" y un lema, "Ser y no parecer", forman parte de la filosofía y mística del Comando, y perduran a pesar de los años